Проблема Дофара возникла как всегда на переломе событий. Ослабление центра вызвало соблазн испытать его на прочность. Если в первые годы правления Фейсалу удавалось поддерживать мирные отношения с этим районом, добившись поддержки шейха Ауда бин Аззана аш-Шанфари из племени Аль-Катир и большинства племени Кара с равнины Саляля, то в более поздний период отношения обострились. Оппозиция правлению семьи Аль Бу Саид и ее ставленнику Сулейману бин Сувайлиму была очень сильной. В частности, в 1885 г. возник мятеж, в результате которого оманские войска были вытеснены из Саляли и сохранили контроль только над Мирбатом. Напряженность сохранялась до начала 1887 г. и завершилась только после того, как бин Сувайлим был заменен на более приемлемую фигуру.
В тот же период активизировались антисултанские настроения и во внутренних областях Омана. Инициаторами этого движения выступили Аль-Хинауи, во главе которых стал Салех бин Али, верховный вождь племени Харс. В 1895 г. возглавляемые им повстанцы захватили Маскат и некоторые другие города на побережье. Лишь с помощью уплаты немалых средств Фейсалу удалось привлечь на свою сторону племена Гафири, которые спасли его от неминуемого поражения.
И тем не менее к 1912 г. контроль над внутренними районами был неполным и неуверенным. Достаточно было небольшой ошибки, чтобы тлеющий конфликт вылился в откровенную враждебность. Фейсал совершил такой неверный шаг. Он, чтобы добиться более эффективного контроля над торговлей оружием и его поставками в Оман, учредил центральный арсенал в Маскате с целью упорядочить движение этого специфического товара. Параллельно с этим был введен запрет на экспорт оружия. В глазах племен такой шаг был расценен как открытое предательство их интересов.
В мае 1913 г. Салим бин Рашид аль-Харти был избран имамом в Тануфе и сразу же поднял знамя восстания против законного султана в союзе с Хинауи и Гафири. Всего месяц спустя после этого была захвачена Низва, наместник Аль Бу Саидов был изгнан, а сам город стал резиденцией имама подобно тому, как это было в прошлом.